PCR是一種敏感和有效的方法，用于在短時間內將單拷貝的目標DNA序列擴增至數百萬拷貝。因此用于PCR反應的
96孔PCR板必須避免存在污染物和抑制劑，同時又具有可保障PCR效果的高質量。
為了避免可干擾DNA擴增的污染，PCR板應不含核酸酶和DNA的污染。盡管如高壓和輻射等滅菌方法可去除細菌和DNA酶，但這些方法并不能去除灰塵和DNA殘留。殘留的灰塵客戶可能會抑制PCR，而片段化的DNA依然可作為模板從而產生非特異性的擴增。
因此，在生產96孔PCR板時，從制模到包裝都必須在具有顆粒數量限制的設施環境中進行。例如，100000級潔凈室允許在立方英尺空氣中不超過100,000個直徑≥0.5μm的顆粒。這些類型的設施符合國際標準化組織（如）規定的嚴格指導原則，以防止灰塵和生物污染。
為了確保質量，生產商可能需要對PCR板材進行視覺或物理檢驗其完整性，以確保對于反應成分保護。可以執行物理測試來評估樣品孔的蒸發，密封和電連續性以檢查泄漏。
對于生物測試，PCR板會進行某些DNA目標分子的qPCR擴增，以評估核酸酶和人類DNA的污染。生產商對于經歷過這些嚴格檢驗的96孔PCR板可提供相應的檢測報告書。
